El agua se considera contaminada al contener gran cantidad de microorganismos patógenos para la salud en suspensión y mal olor en donde los microorganismos encuentran un medio propicio para su desarrollo.
A pesar de los acuerdos internacionales que prohíben arrojar desechos radiactivos a los ríos o al mar, muchos países no los respetan. "En el Japón mucha gente murió o quedó inválida a consecuencia de los vertidos al mar durante muchos años por las fábricas Minimata; se demostraron los efectos contaminantes de múltiples sustancias como el fósforo, los gases de sulfato, los detergentes o el plomo de gasolina y se descubrió que el mar no diluía ni neutralizaba tales impurezas a la velocidad que se creía.
En algunos ríos y lagos de México, el desarrollo desmedido de vegetales acuáticos, como los lirios, ha ocasionado graves daños a los ecosistemas, impidiendo la pesca y obstaculizando la navegación. Ríos y lagos, como el Lerma, Chapala, Santiago, San Juán, Balsas, Blanco, Pánuco, Nasas y Bravo, entre otros, enfrentan, en mayor o menor medida, estos problemas.
La contaminación del agua se debe, en gran parte, al desarrollo de las diversas actividades económicas y de su uso en los lugares que modifican su composición química haciéndola inadecuada para el consumo humano, para riego o para la vida de muchos microorganismos.
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